微生物指标是衡量食品安全最常见、最重要的因素之一。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、腐败、失去营养价值，而且还会危害人类的健康和安全。
大肠杆菌、大肠埃希氏菌、菌落总数、酵母和霉菌数量、绿脓杆菌、李斯特氏菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、阪崎肠杆菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、商业无菌、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭菌、无菌测试、微生物限量、肠道球菌数、下菌落总数等；
【常规项目】
菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等；
【致病菌】
沙门氏菌、单核增生李斯特氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、创伤弧菌、弯曲杆菌属、阪崎肠杆菌、绿脓杆菌、溶血性链球菌、肉毒梭菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽孢杆菌、大肠埃希氏O157：H7/NM、致泻大肠埃希氏菌、溶藻弧菌等；
【其他】
军团菌、乳酸菌、罐头食品的商业无菌、肠杆菌科、嗜渗酵母、粪链球菌、粪大肠菌群、肠杆菌属、厌氧菌落总数、厌氧亚硫酸盐还原菌、需氧嗜温菌芽孢、厌氧嗜温菌芽孢、嗜热嗜酸菌、嗜热菌落总数、白色念珠菌等；
【实时PCR快速检测】
沙门氏菌、单核增生李斯特菌、大肠杆菌O157:H7/NM；
【抗菌性测试】
塑料制品，陶瓷，其他抗菌材质；
【药典常规测试】
USP 62，Ch。
